La Facultad de Ciencias de la Universidad Católica de Norte, cuenta con programas de postgrado que incluyen dos doctorados y dos magíster en diferentes áreas del conocimiento: Doctorado en Ciencias con mención en Matemática; Doctorado en Ciencias con mención en Física; Magister en Ciencias con mención en Matemática y Magíster en Ciencias con mención en Física. Todos los programas se encuentran acreditados.

Recientemente, la Facultad de Ciencias ha creado dos nuevos programas de postgrado: Magíster en Ciencias con mención en Química, con una primera matrícula en el año 2021 y el 11 de noviembre de ese mismo año, se oficializó mediante decreto, el programa de postgrado Magíster en Farmacia mención Atención Farmacéutica.